我们先看看相同点：

1.都是动迁房。

2.满三年都可以过户。

不同点：

1.动迁的原因不同：市政动迁是出于市政建设的需要而进行的动迁，是为了公众的利益进行的动迁;而商业动迁是为了商业开发的目的进行动迁。

2.税费交纳不同：市政动迁的满三年就没有5.55%营业税，只有1%的个税和1%的契税，加起来2%的税费。商业动迁房，满三年但没有满五年的要交5.55%营业税(满五年的不用交)，加上1%的个税1%契税，加起来共7.55%的税费。

当然，买了动迁户后再次卖出，跟普通商品房就没有什么差别了。

因此，买动迁房时一定要了解清楚是市政动迁还是商业动迁，并在协议中约定清楚，这将涉及到较大的税费差别。