根据《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》，高新技术企业认定程序如下：

1.企业申请
认为符合认定条件的在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料：
（1）高新技术企业认定申请书；
（2）证明企业依法成立的相关注册登记证件；
（3）知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
（4）企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
（5） 企业职工和科技人员情况说明材料；
（6） 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
（7） 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
（8） 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。

2.专家评审
认定机构应在符合评审要求的专家中，随机抽取组成专家组。专家组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。

3.审查认定
认定机构结合专家组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报领导小组办公室。认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“高新技术企业认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。