1、划清罪与非罪的界限问题。如果行为人没有违反交通运输管理法规，或者并未导致交通事故的发生，或者虽然发生了交通事故，但并未致人重伤、死亡或者使公私财产遭受损失的，不构成犯罪。

2、划清交通肇事罪与破坏交通工具罪的界限问题。两者侵犯的客体都是交通运输的秩序和安全，但其主要区别在于：第一、客观方面的表现不同。前者表现为违反交通管理法规而发生重大交通事故，致使人员伤亡或者使公私财产遭受重大损失的行为；而后者表现为实施破坏火车、汽车、电车、船只、航空器，足以使火车、汽车、电车、船只、航空器发生倾覆、毁坏危险，危害公共安全的行为。第二、主观方面的内容不同。前者有过失构成；而后者是由故意构成。

3、关于判定交通肇事罪是否以交管部门出具的责任认定意见为依据的问题。在2000年11月21日最高人民法院《关于审理交通肇事刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中强调，分清事故责任是认定交通肇事罪的基础。根据国务院于1991年9月22日发布的《道路交通事故处理办法》第十八条的规定，交通事故责任分为全部责任、主要责任、同等责任和次要责任。从有关部门提供的的情况看，负事故次要责任的情形，由于其违章行为在交通事故中作用较小，损失后果不大，一般作行政处罚，不需追究刑事责任。对发生的重大交通事故承担其他几种责任的情形，则确有追究刑事责任的必要。在论证过程中，一种意见认为：由于缺乏统一的定责标准，在认定事故责任方面存在着随意性较大、定责失衡等问题，建议在认定交通肇事罪问题上，可否不以交管部门出具的责任认定意见为依据。诚然，认定交通肇事罪的焦点问题集中在事故的认定和责任的分析上，比较特殊也很复杂。但是，如果不以此为前提，则无法判定交通肇事行为人与肇事后果间的因果关系，更无法确定其应当承担的是行政责任还是刑事责任。有关事故责任认定方面的统一执法标准虽然仍需国家有关主管部门进一步规范，但在目前的条件下，还应坚持以交管部门认定的事故责任来认定交通肇事罪的前提条件。此外，“两高”于1987年8月21日发布的《关于严格依法处理道路交通肇事案件的通知》中也有类似的表述，上述解释延续了相关规定。

4、关于交通肇事罪中财产损失的认定问题。刑法第一百三十三条规定，发生重大交通事故，造成公私财产遭受重大损失的，依法追究刑事责任。对于“公私财产”是否包括肇事者个人财产问题，在有些情况下，就成为区分罪与非罪的界限。有的案件，肇事者造成的公共财产和他人财产损失数额不大，但自身遭受的财产损失惨重（如名贵车肇事与低档车俱毁）。有的人认为，在这种情况下如果仅认定公共财产和他人的财产损失，数额不大的，则不构成交通肇事罪；如果将其自身财产一并计入损失数额，就可能符合定罪条件。因此，本着从严惩处这类犯罪的需要，应当将肇事人的个人财产损失一并计入损失数额。但是，交通肇事罪的危害在于对公共财产、他人人身及其财产造成的损失，其自身的财产损失应当视为肇事人为自己的违章行为承担的经济责任，而不应将其作为承担刑事责任的条件。因此，上述解释第二条中关于“造成公共财产或者他人财产直接损失”承担刑事责任的规定，是符合立法本意的。

5、关于肇事后逃逸的问题。“交通肇事后逃逸”是1997年刑法关于交通肇事罪增加规定的的加重处罚的情节。实践中，交通肇事后的逃逸行为具有较大的危害性，往往导致被害人无法得到救助、损失无法得到赔偿、案件查处难度增大等等，必须依法予以严惩。解释第三条规定：“‘交通运输肇事后逃逸’是指行为人具有本解释第二条第一款和第二款（一）至（五）项规定的情形之一，在发生交通事故后，为逃避法律追究而逃跑的行为。”这一解释首先，将认定交通肇事后逃逸的前提条件界定为“逃避法律追究”。实践中，肇事人逃跑的目的大多是想逃避法律追究，但也有少数人逃跑的目的是怕受害方或者其他围观群众对其进行殴打等等。同样是逃跑，但这些人往往在逃离现场后，能够通过报告单位领导或者报警等方式，接受法律的处理。因此，对逃跑行为作上述区分是必要的，以保证准确适用法律，不枉不纵。其次，所规定的“逃跑”，并没有时间和场所的限定。在论证过程中，有的人认为，交通肇事后逃逸，应当理解为“逃离事故现场”的行为，实践中大多也是这种情况。但是，据交管部门提供的情况，有的肇事人并未在肇事后立即逃离现场（有的是不可能逃跑），而且在将伤者送至交管部门处理时逃跑，类似的情形也有很多。如果仅将逃逸界定逃离现场，那么性质同样恶劣的逃避法律追究的行为就得不到严惩，可能会影响对这类犯罪行为的惩处力度。因此，只要是在肇事后为逃避法律追究而逃跑的行为，都应视为“交通肇事后逃逸”。