最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》制定了相对灵活的解决方案：

（一）建设工程经竣工验收合格的，参照合同约定支付工程价款。从实践的角度看，合同无效并未严重影响工程款的结算。

（二）承包人承担修复费用。如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但是修复后的建设工程经竣工验收合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，法院应予支持。

（三）不予支付工程款。如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

（四）发包人按照过错承担相应的民事责任。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

（五）收缴当事人已经取得的非法所得。在承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效的，人民法院可以根据《民法通则》第一百三十四条的规定，收缴当事人已经取得的非法所得。

（六）施工中取得资质的，按照有效合同处理。在超越资质等级的建设工程施工合同无效的场合下，如果承包人签约之时超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，但是在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，法院不予支持。

另外，根据《建筑法》和《建设工程质量管理条例》的相关规定，承包人存在工程转包、挂靠、违法分包、超越资质等级等违法情形的，根据情节轻重，可能承担多种行政责任，包括罚款、没收违法所得、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等

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