《行政处罚法》第44条规定，“行政处罚决定依法作出后，当事人应当在行政处罚决定的期限内，予以履行。”根据这一规定，政府部门发现违法建筑在建时，应依据《城乡规划法》等法律法规的规定作出责令停止建设的行政处罚。如果违建人在行政处罚决定的期限内不予履行，在履行公告、告知复议或诉讼、催告等法定程序后，就可以依法拆除。

《行政强制法》第四十四条规定：“对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。”根据这一规定，当事人申请行政复议或者提起行政诉讼期间，行政机关是不可以强制拆除的。然而违法建筑若出现在征地拆迁中，综合违法建筑的认定考量因素和处理原则，可以作如下处理：

1、 第一种情况不属于违法建筑的范畴，属于因历史原因合法建造的房屋，可依《物权法》第30条取得物权，应当完全纳入拆迁征收补偿范围。

2、 第二种情况属于在当事人无违法主观认识下客观上形成的存量违法建筑，如果自具体认定和处理时间节点往前计算在处罚时效内，按第《行政处罚法》第44条处理；如果在处罚时效之外，就应按照《行政处罚法》第29条而不予追究，基于已经稳定的社会关系，应当完全纳入拆迁征收补偿范围。        

3、 第三种情况造成的存量违法建筑，当事人与政府均有过错。由于政府在行政管理关系中的地位处于强势地位，其过错程度也应高一些。在对该等存量违法建筑进行处理时，应当纳入拆迁征收补偿范围予以适当补偿，比例可以考虑在标准赔偿额的70%以上。        

4、 第四种情况是在政府默许的状态下造成的违法建筑。对于政府应积极履责之行政行为，2年内采取以罚代拆、以罚代管等措施或者不作为也应推定为政府默许，其原因在于：①过错责任原则；②一事不再罚原则；对于这个情形造成的违法建筑，如果在处罚时效内，当事人应承担政府默许的举证责任，自然应当完全纳入拆迁征收补偿范围;如果在处罚时效之外，即为超过追究时效的存量违法建筑，理应按照第一种情况完全纳入拆迁征收补偿范围。       

 5、 第五种情况系通过受让取得他人的违法建筑。对于该种情形的违法建筑具体认定和处理期间应从时间节点溯及至违法建筑的原占有人的“建成”之时。如果该违法建筑在处罚时效之内，应给予现违法建筑占有人以受让对价补偿，以填平补偿当事人的直接损失，使当事人遭受的损失降至最低;如果在处罚时效之外，也应按照第一种情况完全纳入拆迁征收补偿范围。        

6、第六种情况为棚户区。应本着实事求是的原则，采取适当补偿为宜。       

 7、第七种情况系政府征收时违法吊销当事人证照造成事实上的违法建筑。当事人可以根据《行政诉讼法》第45条等规定要求补偿 及赔偿。