一、公司注销股东的投资款如何处理公司清算时，股东投资款是公司资产，用于清算公司债务，清算结束后，有剩余的，按股东出资比例分配给股东。处理完资产后，才注销公司。《中华人民共和国公司法》第一百八十六条 【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。第一百八十八条 【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。,二、股东出资不足会导致公司设立无效吗股东出资不足不会必然导致公司设立无效根据《公司法》规定，股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。不管是货币出资，还是土地使用权、实物、工业产权等非货币出资，公司股东应该足额交纳，否则出资不足股东要承担补足责任，其他发起人承担连带责任。同时公司法规定，公司发起人、股东出资不足的，由工商管理部门责令改正并处罚款，构成犯罪，依法追究刑事责任。由此可以看出，当公司股东出资不足时，应该追究其违约责任，而不是直接否定公司设立的效力，从而认为公司设立无效。此外，根据公司法及相关司法解释的规定，股东出资不足的，要承担以下法律责任：
1、股东未履行或者未全面履行出资义务的，公司或者其他股东可以要求其向公司依法全面履行出资义务，补充出资及承担相应的违约责任。
2、股东未履行或者未全面履行出资义务的，公司债权人可以要求其在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。需要注意的是，出资不足股东已经履行补充赔偿责任的，其他债权人不能再提出相同的要求。
3、股东在公司设立时未履行或者未全面履行出资义务的，公司其他股东、债权人可以要求公司其他发起人承担连带责任。通过上述分析知道，依据《公司法》的规定，公司解散后进行清算的，股东的投资是公司的资产，用于清偿公司债务，清偿完公司债务后，有剩余财产的，分配给股东，财产处理完毕后，才注销公司。如果需要法律方面的帮助，读者可以到律师查法规进行咨询。,