与仲裁庭相比，法院认定仲裁协议效力的机会要大得多。因为依据管辖权/管辖权原则，仲裁庭只是在仲裁程序中有权决定当事人提出的仲裁协议有效性异议，而法院则在仲裁程序开始前、仲裁程序中以及裁决作出后都有可能来行使认定权。

首先，在仲裁程序开始之前，如果一方当事人率先就仲裁协议项下的争议向法院提起诉讼，那么法院可依据法律对此争议行使管辖权。按照各有关国家民事诉讼法的规定，提起民事诉讼是每个公民的权利，法院依照其所在国的民事诉讼法的规定，受理有关当事人提起的诉讼，无论当事人之间是否存在着仲裁协议。而只有当另一方当事人根据与原告之间事先订立的仲裁协议抗辩法院的管辖权时，法院才有权就仲裁协议有效与否进行认定，以决定是否将争议交付仲裁解决。对此，《纽约公约》的第2条第3款就有规定，“当事人就诉讼事项订有本条所称之协定者，缔约国法院受理诉讼时应依当事人一造之请求，命当事人提交仲裁，但前述协定经法院认定无效、失效或不能实行者不在此限”。

其次，在仲裁裁决作出后，当事人在一定条件下可以就仲裁协议的有效性及仲裁庭的管辖权问题提出抗辩，请求裁决作出地法院撤销已经作出的仲裁裁决，或者请求某特定国家的法院不予承认和执行已经作出的仲裁裁决。而被请求的国家的法院可依法进行司法复审，如果法院认为仲裁裁决系根据无效仲裁协议作出，仍然可以撤销已经作出的仲裁裁决或拒绝承认与执行该裁决。

第三，对于仲裁程序开始后，仲裁进行过程中当事人提出的仲裁协议有效性异议，法院是否享有认定权呢?这实际上是管辖权/管辖权原则与法院干预仲裁的关系问题。前面已述及，管辖权/管辖权原则目前已在国际商事仲裁界得到了普遍的认可，因此在仲裁程序中如当事人对仲裁协议的有效性及仲裁管辖权提出异议，仲裁庭有权对此进行决定。但从各国的立法与实践来看，这种决定并不具有终局的效力，一般都赋予法院以最终裁决权，即当事人如对仲裁庭就仲裁协议效力及仲裁管辖权所作的决定不服，仍有权向法院提起诉讼，由法院进行裁决，这是法院对仲裁进行监督和干预的体现。但是，关于法院具体在什么阶段进行监督和干预，各国的作法并不一致。有的国家，对此没有进行限制，仲裁庭对仲裁协议是否有效作出裁定后，当事人如不服可在仲裁程序进行中就请求法院作出决定，也即法院可在仲裁程序进行中随时依当事人申请对仲裁庭的决定进行司法干预。英国即采用了这种做法。而有的国家却认为，应尽量弱化法院对仲裁程序的干预，法院对仲裁的监督应在最终仲裁裁决作出后再进行，因此，对于仲裁庭所作出的关于仲裁协议效力的认定，法院只能等到仲裁裁决作出后才可进行审查。如《比利时司法法典》第1697条就规定，仲裁庭的裁定不得提交司法当局进行抗辩，除非在同一程序中对主要问题也同时作出了裁决。据此，即便仲裁庭在仲裁程序中对仲裁协议有效性问题作出了一个初步决定，当事人如不服也不得立即向法院起诉，而只能等到关于实质问题的仲裁裁决作出后才可提请法院进行认定。《国际商事仲裁示范法》在制订过程中，关于法院何时干预仲裁庭作出的管辖权决定，起草者中间也出现了很大争论。日示范法最终采取了折衷的做法。根据其第16条规定，仲裁庭可以对仲裁协议的存在或效力的任何异议作出裁定;仲裁庭可视案情将管辖权抗辩作为一个初步问题裁定或在终局裁决中裁定，如仲裁庭作为一个初步问题裁定它有管辖权，任何一方当事人均可在收到裁定通知后30日内要求管辖法院对这一问题作出决定，该决定不容上诉;如果仲裁庭在终局裁决时才裁定仲裁协议的效力，法院只能在裁决后进行监督。综上不难看出，虽然在具体做法上仍有差异，但国际商事仲裁界普遍认同的是，在仲裁程序中，对于仲裁协议有效性问题，仲裁庭有第一发言权，但法院有最终决定性发言权。