那么，现行的新股发行制度到底存在哪些问题呢?或者说有哪些是需要着重加以修改的呢?在笔者看来，最主要的是在发行对象的选择与询价制度的制定上。

先讲发行对象，虽然在理论上，现在的新股除了对极个别的为法律、法规禁止的人士之外，其他人士都可以参与申购。但是从实际情况来看，真正能够比较有把握申购到新股的，只是少数机构投资者。

由于发行方式分网上网下，而且参与询价的机构又可以优先获得配售，新股发行中能够申购到最大比例的是参与询价的机构(目前限于基金等六类)，然后是可以参与网下配售的机构(参与询价的机构也同时能够再参与网下配售)，其他投资者只能参与网上配售。在实践中，网下配售的比例大大高于网上，而参与询价的一般能够获得全部发行额度中20%左右的优先配售，因此其实际申购新股成功的比例，显然又要比网下申购的要高。在这样一个生态层中，基金等六类机构因为拥有特权而占据了最大的优势，其他机构则也拥有相对优势，处于劣势的则是广大的普通投资者。在这里，发行制度是倾向于机构的，也保护了其与民争利的行为。有人说，现在新股发行中，机构既吃独食，又吃偏食，普通投资者吃的是剩食。语虽尖锐，但也是不无道理。

无疑，现行发行制度在对投资者的选择上，是非常不合理的。由于在这方面所存在的问题，客观上也激化了一二级市场的矛盾，并且在机构优先配售部分上市时又成为新股价格大幅度波动的一个因素。对此，广大普通投资者一直是有意见的，而这也应该是在这次发行制度修改时所要重点予以考虑的。人们希望修改后的发行制度，能够充分考虑到境内市场以个人投资者为主的实际，对他们予以公平的对待。对于机构在新股配售中所享有的特权，应该予以取消。

另外，现行的新股询价制度，同样也弊端很多，且不说在二次询价中所存在的不当操作，使得询价成为少数机构展开博弈，以获取最大量的新股优先配售数的工具，即便是不考虑这一点，现在的询价制度也难以能够真正保证新股发行价格的合理，更无法充分揭示供求关系。